TDK

A PTE KK Pathológiai Intézet szövettani archívumában fellelhető, 2010. 01. 01-2019.12.31.  között operált colorectalis carcinomák és májáttéteik párosított mintán a primaer tumorok és májáttéteik összehasonlító elemzése során annak vizsgálata, hogy a primaer tumorokban meglévő morfológiai jellemzők – differenciáció, növekedési szél mintázata, tumor/stoma arány, peri- és intratumoralis immunválasz hogyan befolyásolja az áttétképzési hajlamot és az áttétek morfológiailag megegyező vagy eltérő sajátosságokat mutatnak-e a primear tumorkhoz képest.

A kevert neuroglialis daganatok leggyakoribb típusa a ganglioglioma. Ez egy elsősorban gyermek- és fiatal felnőttkorban előforduló, leggyakrabban epilepsziával jelentkező daganat, mely gyakoriságában elmarad a hagyományos glialis daganatoktól (astrocytomák, oligodendroglioma). Klinikailag és szövettanilag ugyanakkor a két tumorcsoport átfedést mutat és a differenciál diagnosztika komplex immunhisztokémiai és molekuláris genetikai megközelítést tehet szükségessé. A gangliogliomák kb. 25%-a BRAF gént érintő mutációval jár együtt, mely a hagyományos glialis daganatokra nem jellemző.

Munkánk célja az intézet archivumának felhasználásával az elmúlt kb. 15 év gangliogliomás és egyéb kevert neuroglialis daganatos eseteinek újraértékelése rutin morfológiai és immunhisztokémiai, valamint klinikopatológiai szempontból. A BRAF mutáció jelenlétét mutáció specifikus antitesttel és szükség esetén molekuláris vizsgálatokkal igyekszünk kimutatni.

A heredaganatos betegek túlélése az 1980-as évek óta drasztikusan javult, a platina alapú kemoterápia bevezetésének köszönhetően a korábban halálos betegség napjainkban sikeresen gyógyítható.

Huddart és mtsai. heredaganatos betegek túlélését vizsgálták 1980 és 2000 között az Egyesült Királyságban, melynek során megfigyelték, hogy bár a kezelés nem változott, a túlélés mégis javult. Az eredményt az 1990-es években folytatott here tumorokkal kapcsolatos figyelemfelhívó kampányok hatásával magyarázták, melynek köszönhetően a betegek korábban felismerték a tüneteket és fordultak orvoshoz.

Kutatásunk során az intézetünkben 2003 és 2023 között heredaganat miatt semicastratio-n átesett betegek adatainak retrospektív elemzését végezzük el. Vizsgáljuk a fenti időszakban diagnosztizált heredaganatok méretét és stádiumát, valamint felmérjük a tünetek jelentkezésétől az első orvosi vizsgálatig, illetve a diagnózis és a műtét időpontja közt eltelt időt.

A tirozin-kináz gátló kezelésre adott terápiás válasz alapvető jelentőségű a krónikus myeloid leukaemiás betegek kezelésének szempontjából. A korai – 3. havi – válasz az elmúlt években kiemelt jelentőségre tett szert a drága gyógyszeres kezelés megfelelő megválasztásának szempontjából. A tanulmány során Magyarországon először vizsgáljuk meg retrospektíven a 3. havi molekuláris, illetve citogenetikai válasz összefüggését a kórlefolyással. Megvizsgáljuk, hogy milyen további klinikai, illetve genetikai paraméterek segíthetnek a megfelelő terápiás döntés meghozatalában. A vizsgálat során korábbi vizsgálati, illetve kórtörténeti adatokat gyűjtünk kb. 60 CML-es beteg kapcsán, illetve FISH, illetve RQ-PCR vizsgálatokat végzünk archív vizsgálati anyagokon.

A neuroblastos tumorok igen heterogének, a jól ismert szövettani subtípusok mellett kevert un. composit daganatok is előfordulnak, amelyek legalább két, egymástól eltérő prognózisú komponensből állnak. Ezen –részben új, leírás alatt lévő- entitások pathologiai jellemzése, klinikai jelentőségének tanulmányozása a cél, mindez a Neuroblastoma Referencia Centrum anyagában.

A neuroblastos tumorok csoportja az egyik leggyakoribb a gyermekkori daganatok között. Biológiai viselkedése jelentős változatosságot mutat, a megállíthatatlan progressziótól a spontán regresszióig minden előfordulhat. A progresszió nehezen jósolható meg, de az alkalmazott kezelés intenzitása a várható viselkedéstől függ. A neuroblastos tumorok pathogenesise is enigmatikus, nagy valószínűséggel többlépcsős. A projekt célja a rossz prognózisú csoportba sorolt esetek MYC/MYCN, ATRX, TERT és ALK protein expressios illetve genetikai státuszának vizsgálata a Neuroblastoma Referencia Centrum anyagában.

A  tumor-stroma arány (TSR) összefüggést mutat az invázió mintázatával (expanzív / infiltratív növekedési szél), a lymphovascularis invázió és perineuralis infiltratio meglétével, következésképpen  a nyirokcsomó áttétek és esetleges távoli áttétek jelentkezésével. Ez az egyszerűen vizsgálható szöveti jelleg tehát a colorectalis carcinomák fontos prognosztikus jellemzője. A TSR megítélése a stroma mennyiségének rutinszerűen mikroszkópos becslésén alapul. A vizsgálat során a PTE KK Pathológiai Intézet szövettani archívumában fellelhető, 2008. 01. 01. – 2018. 12. 31. időintervallumban vizsgált colorectalis carcinomák eseteiben kívánjuk vizsgálni a primaer tumorok, nyirokcsomó- és esetleges távoli áttéteik esetében a stroma mennyiségét, összetételét (érett/sejtdús, intermediaer/hyalinizált, éretlen/myxoid) illetve az immunválasz meglétét/hiányát, erősségét. A prognosztikus jellemzők analízisén túl képanalízis segítségével 30 expanzív és 30 infiltratív növekedési mintázatú tumorban leellenőrizzük a mikroszkópos becsült TSR arány helyességét.

A haematológiai betegségek gyanújával vizsgált betegek esetében az egyik legnagyobb nehézséget a myelodysplasiás syndroma (MDS) kórismézése jelenti. Az általában citopeniás betegek csontvelő vizsgálatakor hisztológiailag és citológiailag észlelt dysplastikus jelenségek nem feltétlenül jelentik klonális haematológiai betegség, MDS fennálltát. Nyilvánvaló egyéb eltérések, mint blastszaporulat vagy gyűrűs sideroblastok illetve kariotipizálással felderített klonális citogenetikai eltérések jelenléte megkönnyíti a diagnózist, azonban a blastszaporulattal nem járó, ún. low grade MDS diagnosztikája során számos nehézséggel találkozunk.

Vizsgálataink célja elsősorban az, hogy az ilyen, hisztológiai és citológiai alapon kérdéses esetekben találunk-e olyan módszereket, eljárásokat, melyek segítenek kiválasztani az MDS-re gyanús eseteket, illetve hogy ezen betegek további vizsgálata során milyen stratégiát alkalmazzunk. Első célunk az, hogy megvizsgáljuk az áramlási citometria szerepét megfelelő protokoll és kapuzás mellett a gyanús betegek kiválasztásában. Második célunk pedig az, hogy a gyanús betegeknél a hagyományos kariotipizálás elkészültét megelőzően vizsgáljuk a fluoreszcens in situ hibridizáció lehetséges szerepét a betegség további diagnosztikájában.

Társtémavezető: Dr. Vida Livia

A blasticus plasmacytoid dendritikus sejtes neoplasia (BPDCN) egy ritka, rossz prognózisú, agresszív hematológiai malignitás. A tumorsejtek morfológiája és heterogén immunfenotípusa következtében könnyen összetéveszthető akut myeloid leukémiával, kis-sejtes carcinomával vagy akár lymphomával.

A tervezett retrospektív munka során a PTE Pathologiai Intézet archívumában megkeressük a BPDCN eseteket, és áttekintjük a kapcsolódó klinikopatológiai, valamint genetikai adatokat. Amennyiben lehetséges, az újabb immunhisztokémiai markerekkel kiegészítjük a korábbi vizsgálatokat. Meghatározzuk, hogy a mindennapi diagnosztika során milyen konstelláció esetében kell feltétlenül erre a diagnózisra gondolni.

A malignus betegségek egyre nagyobb hányadában válik egyértelművé, hogy a különböző genetikai eltérések eltérő biológiai viselkedéssel, terápiára való érzékenységgel, illetve kórlefolyással társulnak. Plasmasejtes myeloma esetében néhány, az immunglobulin nehézlánc gént (IGH) érintő transzlokáció, TP53 deléció, illetve az 1-es kromoszómát érintő strukturális eltérések prognosztikai értékkel bírnak, melyek vizsgálata ma már a rutin diagnosztika része. Tekintettel arra, hogy a myelomás sejteket nehéz in vitro tenyészteni, a vizsgálat alapja fluoreszcencia in situ hibridizáció (FISH).

A csontvelői aspiratumokban sok esetben csupán kevés myelomás sejt azonosítható, így a FISH vizsgálatok megbízhatósága sok esetben nem elfogadható. Amennyiben lehetséges, a plasmasejtek dúsítása szükséges a FISH vizsgálatok előtt; enélkül sok esetben nem érdemes a vizsgálatot elvégezni. Előfordul, hogy jó minőségű kenetek, illetve metszetek esetében a plasmasejtek morfológiailag azonosíthatók a plasmasejtek, ilyen esetben is végezhető FISH.

A projekt célja áttekinteni, hogy az elmúlt 5-6 évben a PTE Pathologiai Intézetben milyen citogenetikai vizsgálatokra került sor plasmasejtes myeloma kapcsán. Cél továbbá megvizsgálni, hogy a plasmasejtes dúsítás milyen hatásfokú volt, hogy vajon a különböző eltérések mutatnak-e eltérő gyakoriságot a dúsítás után végzett vizsgálatok során a dúsítás nélküliekhez képest. A különböző eltérések közötti klonális kapcsolat, valamint a konvencionális kariotipizálás szerepének megállapítása is a vizsgálatsorozat céljai között szerepel.

Társtémavezető: Dr. Vida Livia

Komoly kihívást jelent a mindennapi diagnosztikában a cutan lymphoproliferációk szövettani azonosítása. Számos gyulladásos betegség lymphomát utánozhat. A sokféle cutan lymphoma számos morfológiai variánssal jellemezhető, így a morfológiai diagnózishoz többnyire nélkülözhetetlen az immunhisztokémia, valamint a T-sejt receptor gének átrendeződésének molekuláris vizsgálata. Még a komplex diagnosztikus repertoár bevetése sem vezet minden esetben definitív diagnóziskor, ilyenkor a nyomonkövetés során válhat egyértelművé a pontos diagnózis.

A munka során a PTE Pathologiai Intézet archivumából cutan lymphoproliferatív elváltozásokat gyűjtünk. A bizonytalan diagnózisok szövettani mintáit, immunhisztokémiai és molekuláris vizsgálati eredményeit újraértékeljük, és megvizsgáljuk, hogy a későbbi kórlefolyás, illetve az esetleges ismételt mintavételek során milyen végleges diagnózis született. A projekt során a hallgató jártasságra tesz szert a szövettani értékelés alapvető módszertanában, megismeri a cutan lymphoproliferációk morfológiai sokszínűségét. Megismeri többek között a lymphomatoid papulosis, valamint a mycosis fungoides altípusait.

Társtémavezető: Dr. Alizadeh Hussain

A leggyakoribb, DLBCL típusú malignus lymphomában szenvedő betegek kb. 1/3-a nem gyógyítható meg. A munka során a kezeletlen FFPE szövetblokkokon a tumor fenotipus stratifikációja,  proliferációs kapacitásának vizsgálata valamint citogenetikai jellemzése történik meg immunhistologiai és interfázis citogenetikai (iFISH) eljárásokkal. A feno- és genotipus adatokat összevetjük a részletes klinikai stádium és monitorizálási adatokkal a jobb therápiás stratifikáció vizsgálatának céljából. A vizsgálatokat 100, a PTE-en diagnosztizált és/vagy kezelt betegségben kivánjuk elvégezni.

A PTE Pathologiai Intézetébe nagy számban érkeznek vizsgálati anyagok, zömében vér- részben csontvelő minták eosinophilia diagnózissal. Az általában rutin laboratóriumi vizsgálat során észlelt eosinophil sejtszaporulat mértéke széles határok között mozog, igen diszkrét eltérésektől nagyfokú, malignitás gyanúját keltő eosinophil sejtszaporulatig. A vizsgálatkor rendelkezésre álló klinikai adatok többnyire limitáltak, ugyanakkor a vizsgálati stratégiáról viszonylag gyorsan kell dönteni. Jelenleg áramlás citometriai és molekuláris (leginkább interfázis citogenetikai) vizsgálatok történnek, melyek többnyire költségesek. Magyarországon nincs igazán kidolgozott algoritmus az ilyen esetekben követendő diagnosztikus lépésekkel kapcsolatban. A munka célja annak vizsgálata, hogy melyek azok a faktorok, melyek segítenek a diagnosztikus döntésekben, a vizsgálatok megtervezésében, sorrendjének megállapításában, hatékony és lehetőség szerint költségkímélő kivitelezésében. Vizsgálni kívánjuk azt is, mennyibe sikerül az eosinophilia okát megtalálni és lehetőség szerint utánkövetni ezen beteganyagot.

A glioblastoma a leggyakoribb felnőttkori glialis tumor, prognózisa kedvezőtlen. Eltérő génexpressziós profilok alaján négy molekuláris alcsoportot határoztak meg, melyek klinikai viselkedésünkben is mutatnak eltérést. A négy csoport, a klasszikus, a proneuralis, a mesenchymális és a neurális szubtípus megkülönböztetése a mindennapi gyakorlatban is hasznos lehet. A munka során immunhisztokémiai és FISH vizsgálatokkal kíséreljük meg meghatározni a négy alcsoportot az intézetünk retrospektív anyagát felhasználva. Azon eseteken, melyek kapcsán fagyasztott anyaggal is rendelkezünk, kooperáció részeként molekuláris vizsgálatokat is végzünk ellenőrizve a más módszerek alkalmasságát.

A gyermekkori haematológiai malignitások között a heveny (akut) myeloid leukaemia (AML) lényegesen alacsonyabb arányban fordul elő a heveny lymphoblastos leukaemiánál (ALL), mely utóbbi esetében nagyobb esetszámok és megfelelő követési adatok állnak rendelkezésre. Az AML esetében, részben az alacsonyabb előfordulás, részben a nagyobb heterogenitás kapcsán a tapasztalatok limitáltabbak.

Az utóbbi két évtizedben a leukaemiák csoportosításában és diagnosztikájában előtérbe kerültek a citogenetikai eltérések, számos leukaemia típus genetikailag (molekulárisan) definiált az újabb WHO osztályzások alapján. Az AML esetében a gyermekkori esetekben lényegében a felnőttekével megegyező klasszifikáció érvényes, de vannak különbségek is, mint pl. a Down-syndromához asszociált haematológiai malignitások csoportja. A gyermekkori leukaemiák protokollok alapján történő kezelése maga után vonja a nemzetközi ajánlások alapján történő diagnosztikát, mely a csontvelő és vér citológiai, immunfenotípus vizsgálatain, valamint a különböző hagyományos és molekuláris citogenetikai eljárásokon nyugszik.

Célunk, hogy PTE Pathologiai Intézetében az elmúlt 20 év során diagnosztizált gyermekkori AML eseteket összegyűjtsük, megvizsgáljuk, hogy a diagnosztikus kritériumok és a módszerek fokozatos változásával összefüggésben milyen típusú és genetikai hátterű betegségek kerültek felfedezésre. Ennek kapcsán szeretnénk összevetni adatainkat a nemzetközi irodalomban fellelhetőkkel, valamint elemezni a betegek életkori és egyéb sajátosságait, a kezelési modalitásokat és amennyiben rendelkezésre állnak, a betegek követési adatait is.

Társtémavezető: Dr. Katona Krisztián

A szisztémás autoimmun betegségek vizsgálata kapcsán eltávolított kisnyálmirigy biopsiás minták feldolgozását végezzük. A vizsgálat célja a pathologiai elváltozások feltárása, súlyosságának meghatározása, különös tekintettel a lobularis fibrosisra, acinaris atrophiára, ductalis metaplasiara illetve a zsíros infiltrációra. Mindemellett a gyulladásos beszűrődés értékelésére is sor kerül. A kapott eltéréseket a klinikum függvényében értékeljük. A vizsgálatokhoz hisztokémiai festéseket illetve a 3D Histech image analysis rendszerét használjuk.

A krónikus lymphocytás leukémia (CLL) a leggyakoribb felnőttkori leukémia. A betegek többségében monoklonális B-sejtpopuláció észlelhető a perifériás vérben, valamint a csontvelőben. A sejtek IGH génátrendeződésének összetétele prognosztikus és prediktív paraméter a kezelés során. Az esetek kis részénél egynél több B-sejt klón azonosítható a vérben. Ennek biológiai, klinikai és prognosztikus jelentősége egyelőre nem világos.

A munka során meghatározzuk, hogy a PTE Pathologiai Intézeti anyagában milyen gyakori az egynél több klónt tartalmazó CLL, mind az áramlási citometria, mind az IGH szekvenciaanalízis szempontjából. Megkíséreljük meghatározni a különböző populációk közötti biológiai és klinikai összefüggéseket. A munka betekintést nyújt a leggyakoribb felnőttkori leukémiával kapcsolatos teljes diagnosztikus repertoirjába.

A malignus tumorok genetikai konstellációjának pontos megismerése személyre szabott, célzott terápiás célpontok lehetőségét veti fel. A precíziós onkológia jelenleg abban az irányban halad, hogy a terápiás döntéseket a lehető legrészletesebb genetikai adatok alapján hozzák meg. Különösen a rossz prognózisú, hagyományos terápiás lehetőségeket hamar kimerítő malignus betegségek esetében fontos a potenciális terápiás célpontok keresése.

A vizsgálat során prospektíven tekintenénk át a PTE Pathologiai Intézetben végzett 523 génes panelek vizsgálati eredményeit gyermekkori tumorok kapcsán. A munka során összegyűjtjük, hogy a komprehenzív genetikai vizsgálatok mennyi új adatot szolgáltatnak, és milyen módon segítik a betegek megfelelő ellátását.

A leggyakoribb gyermekkori rosszindulatú betegség, a pre-B-sejtes acut lymphoblastos leukaemia leggyakoribb, 25 – 30 %-ot kitevő tipusa az 51-67 modális kromoszóma számmal jellemzett magas hiperdiploid  leukaemia.  A  4., 6., 10., 14., 17., 18., 21. és az X a  leggyakoribb triszómiát (néha tetraszómiát) mutató  kromoszóma , a leggyakoribb modális szám az 55. Ezen leukaemia tipus külön prognosztikai kategóriát képvisel és egyedi kezelést igényel.  Konvencionális citogenetikával a betegség nagyon rossz hatásfokkal diagnosztizálható, mivel nem ismert okból  leukaemia sejtek in vitro oszlási képessége nagyon renyhe. Vizsgálatainkban archivált leukaemiás sejtek interfázis magjaiban a hyperdiploiditásért legyakrabban felelős kromoszómák sokszinű fluoreszcens in situ hibridizációs jelölésével meghatározzuk a modális kromoszóma számot. Biostatisztikai elemzéssel kiséreljük meghatározni azt a minimális számú kromoszómát, melyeknek számbeli eltérése (nyerése) prediktiv a magas hiperdiploid gyermekkori acut lymphoblastos leukaemiára, ezzel biztositandó a megbizható diagnosztikát. Vizsgáljuk továbbá a magas hiperdiploid leukaemia anyagunkon az egyes kromoszóma nyerési kombinációk prognosztikai hatását.

Az akut myeloid leukémia (AML) rossz prognózisú malignus betegség, melynek esetén a betegek rövid túlélésre számíthatnak. A betegség molekulárisan és klinikailag is heterogén, a kórlefolyás vonatkozásában is jelentős különbségek figyelhetők meg. A minimális, vagy mérhető reziduális betegség (MRD) egy fontos prognosztikus, ami összefügg a későbbi relapszus rizikóval, a terápia tervezésének fontos tényezője.

A molekuláris vizsgálatok mellett az MRD meghatározásának módszere a multiparaméteres áramlási citometria. Sajnos, a betegek egy része nem rendelkezik olyan abnormális immunfenotípussal, ami megbízhatóan következő a kezelés során. Jelenleg is zajlik országos konzultáció a megfelelő követési stratégia kidolgozására.

A retrospektív vizsgálat során áttekintjük az elmúlt évek AML diagnózisait a PTE Pathologiai Intézetben. Meghatározásra kerül, hogy az esetek mekkora arányában mutatható ki MRD követésre alkalmas kóros fenotípus, illetve az MRD követések eredményei. A kutatás eredményei segíthetnek hatékony követési stratégia kidolgozásában.

A minimális reziduális betegség (MRD) mértéke számos csontvelő malignus betegség esetében a további kezelést alapvetően meghatározó, prognosztikus értékű paraméter. Az utóbbi években jelentősen bővült a terápiás lehetőségek palettája plasmasejtes myeloma esetében, így az MRD meghatározása a rutin diagnosztika kihívásai közé emelkedett ebben a betegségben is. A nemzetközi ajánlások az áramlási citometriát, illetve molekuláris módszereket ajánlanak. Régi tapasztalat, hogy a csontvelői aspirátumokban kevesebb a plasmasejt, mint az azonos alkalommal kinyert szövettani mintában; ennek megfelelően előfordul, hogy az aspirátum áramlási citometriai vizsgálata csupán néhány százaléknyi reziduális betegséget igazol, míg a szövettani vizsgálat jelentősebb arányban mutat ki myelomás sejteket.

                A fentiek ellenére sincs kellő tapasztalat az MRD szövettani kimutatásával kapcsolatban. A neoplasztikus plasmasejtek morfológiailag nem különíthetők el megbízhatóan a normális plasmasejtektől, immunfenotípusuk ugyan általában eltér, de esetenként különböző mértékben.

A projekt célja egy immunhisztokémiai módszer kidolgozása a plasmasejtes myeloma minimális reziduális vizsgálatára, majd a módszer összevetése érzékeny áramlási citometria eredményeivel. A módszer többszörös immunhisztokémiai jelölésekkel valósulna meg, melyek során két különböző színnel jelölt, sejtfelszíni, magi és citoplasmicus jelöléseket alkalmaznánk egy időben. A reakciókat automatizált képanalízissel értékelnénk, így kísérelnénk meg érzékeny, sejtalapú MRD meghatározást. 

Az akut myeloid leukémia (AML) magas malignitású myeloid neoplasia, ami genetikailag rendkívül heterogén betegségcsoportnak felel meg. Az időskorra jellemző esetek genetikailag és biológiailag is eltérnek a gyermekkorra jellemző esetektől. AML diagnózisához legalább 20% blasztot kell számolni csontvelői kenetben vagy perifériás vérben, kivéve bizonyos AML-t azonosító transzlokációk jelenléte esetében. Ritkán, a betegség szolid tumor formájában, myeloid sarcomaként jelentkezik. Ez a manifesztáció 4-5%-ban fordul elő, jelentkezhet egyidőben a csontvelői infiltrációval, vagy relapszusként kezelés során, de ritkán megelőzi az AML szokásos klinikai prezentációját. A legtöbbször a bőr, nyirokcsomók, valamint a gasztrointesztinális traktus érintett, a diagnózis sokszor elhúzódik, a szövettani diagnózis olykor nem kézenfekvő.

A kutatási projekt célja összegyűjteni a PTE Pathologiai Intézetben az elmúlt 20 év myeloid sarcoma esteit és megvizsgálni klinikopatológiai, valamint genetikai jellemzőit.

Társtémavezető: Dr. Vida Livia

Az akut leukémiák néhány évente megújuló osztályozásában egyre nagyobb hangsúlyt kapnak a genetikai eltérések. A jelenleg hatályos WHO ajánlás számos olyan akut leukémia entitást ismer, melyet egy-egy konkrét, sokszor ritka genetikai abnormalitás határoz meg. Ilyen a NUP98 átrendeződés pozitív akut myeloid leukémia (AML) is.

A NUP98 átrendeződés pozitív akut myeloid leukémia a felnőtt AML-ek kb. 2%-át, a gyermekkoriak kb. 2-5%-át teszi ki, tehát egy ritka betegségen belül is ritka variáns. A betegség a leírások alapján de novo AML szokott lenni, a NUP98 átrendeződést driver mutációnak tekintik.

A PTE Pathologiai Intézetben a közelmúltban bevezetett újgenerációs szekvenálás alapú, komprehenzív genomikai vizsgálatoknak köszönhetően rövid időn belül két NUP98 átrendeződés pozitív AML is felismerésre került.  Mindkét eset kapcsán azonban felmerült, hogy a NUP98 átrendeződés nem csak a leukémiás sejtekben, hanem egyéb csontvelői sejtekben is kimutatható, így pontos szerepe a leukemogenezisben kérdésesnek tűnik.

A TDK munka során részletesen megvizsgáljuk a két esethez kapcsolódó csontvelői mintákat, kiegészítve a korábbi diagnosztikus teszteket FISH vizsgálatokkal. Ezen felül áttekintjük a PTE Pathologiai Intézet archívumát, és retrospektíven megvizsgáljuk, hogy volt-e már a korábbi diagnózisok között NUP98 átrendeződést hordozó eset.

A Philadelphia-transzlokáció negatív myeloproliferatív neoplasiák (MPN) többsége JAK2, MPL, vagy CALR mutációval jár. Ezek prognosztikai jelentősége, összefüggése a morfológiai paraméterekkel, illetve az addicionális citogenetikai eltérésekkel csupán részleteiben ismert.

A vizsgálat során kb. 100 eset mintáit vizsgálva megvizsgáljuk a mutációk összefüggéseit a FISH-sel detektálható citogenetikai eltéréssel, valamint klinikopatológiai paraméterekkel. Megkíséreljük megvizsgálni a CALR mutáció alapján meghatározott tumorburden prognosztikai jelentőségét.

Társtémavezető: Dr. Vida Livia

A BCR::ABL1 fúzió a legklasszikusabb példája a driver mutációknak, azonban néhány megfigyelés arra utal, hogy a BCR::ABL1 fúzió (általában Philadelphia-transzlokáció eredményeként) nem feltétlenül primer genetikai esemény, és önmagában nem minden esetben elégséges a betegség kialakításáért.

5-10%-ban előfordul, hogy BCR::ABL1 negatív sejtekben jelentkeznek klonális citogenetikai eltérések, ritkán azonos eltérés mutatkozik a CML-es és a nem-CML sejtekben egyaránt, ami a BCR::ABL1 transzlokáció másodlagos jellegére utal. A terápiás válasz során a CML-es tumor tömeg csökkenése mellett a BCR::ABL1 negatív hematopoesis aktivitása is szerepet játszik; a lassú regeneráció a háttérben húzódó mutációkat jelezhet. Jelenleg a legígéretesebb terápiás cél CML-ben a TFR, vagyis kezelésmentes remisszió elérése, azonban a megfelelően mély molekuláris választ elérő betegnek is kb. fele relabál, ha a kezelést felfüggesztik. Egyelőre nem világos, hogy milyen tényezők felelősek az ilyen relapszusért, ez függetlennek látszik a reziduális BCR::ABL1 transzkriptum mennyiségétől.

A projekt során szelektált CML-es betegek mintáiban releváns gének mutációit, kópiaszámait vizsgálnánk, meghatároznánk a BCR::ABL1 transzkriptumok variánsainak, illetve különböző BCR::ABL1 kináz domén mutációk esetleges jelenlétét. A feltevés az, hogy a BCR::ABL1 transzlokáció kialakulását egyéb mutációk előzik meg, melyek hasonlóak az életkor előrehaladtával egyre gyakrabban jelentkező, ún. CHiP (clonal hematopoiesis of indeterminate potential) mutációkhoz. A mutációk egy része perzisztál a terápia során, hozzájárulhatnak a nem megfelelő csontvelői regenerációhoz, illetve a korai progresszióhoz.

Társtémavezető: Dr. Pajor Gábor

Egyre több olyan genetikai aberráció kerül szolid tumorokban is felismerésre, melynek következtében termelődő és a pathogenezisben meghatározó kóros (fehérje) termék specifikusan blokkolható. Az ilyen terápiás eljárást nevezzük tárget terápiának. Ezek alkalmazásának előfeltétele a specifikus genetikai aberráció kimutatása, mellyel a prediktiv pathologia foglalkozik. A genetikai eltérések kimutatása és méginkább kiértékelése és ennek standardizálása szövetben in situ molekuláris módszerekkel nagy kihivást jelent. A vizsgálatok során automatizált, pásztázó fluoreszcens mikroszkópos technikával automatizált kiértékelési protokollokat kivánunk kidolgozni HER2 és TOP2A amlifikációt mutató emlő, ALK-EML4 fúziót mutató tüdő ill. TMPRSS2- ERG fúziós transzlokációval biró prostata tumorokban.

Az interfázis magokon végzett fluoreszcens in situ hibridizáció (FISH) a rutin diagnosztikában általánosan használatos citogenetikai vizsgálómódszer. A legtöbbször perifériás vér és csontvelői aspiratumokból készült sejtszuszpenziók vizsgálatára kerül sor hematológiai malignitások kapcsán. A vizsgálattal számos prognosztikai értékkel bíró genetikai abnormalitás kimutatható anélkül, hogy a sejtek tenyésztésére szükség volna.

A mindennapi diagnosztikus FISH vizsgálatok során általában kereskedelmi forgalomban kapható, validált, de költséges szondákat alkalmazunk. Amennyiben egy tárgylemezen több minta párhuzamos vizsgálata volna végezhető, a költséghatékonyság javítása mellett a vizsgálat paramétereinek egységesítése is jobban megvalósítható volna. Formalinban fixált, paraffinba ágyazott szövetminták esetében szöveti mikrosorozatok (tissue microarray - TMA) a fenti igényeket kielégítik, alkalmazások ma már széles körben elterjedt. Hasonló módszer azonban citológiai minták esetében nem ismert.

A projekt során egy, intézetünkben kifejlesztett módszer alapos, igényes validálását végeznénk el. A módszer segítségével egy tárgylemezen 32 minta FISH vizsgálata végezhető el. A vizsgálat sorozat során validáljuk, hogy a 32 minta elkülönítése kellő megbízhatósággal megvalósítható, illetve teszteljük, hogy meddig emelhető az egy tárgylemezen elvégzett vizsgálatok száma.

Európában és Észak-Amerikában a T-sejtes lymphomák lényegesen alacsonyabb esetszámban fordulnak elő a B-sejtes lymphomákkal összevetve. Ugyanakkor igen széles skálán helyezkednek el, a gyakoribb, viszonylag jól definiált kórképek mellett számos speciális, ritka szubtípussal. A T-sejtes lymphomák változatos lokalizációban találhatók, szinte minden szervrendszer érintett lehet. Magának az abnormális T-sejt fenotípusnak a meghatározása kiterjedt immunhisztokémiai vizsgálatok mellett szinte mindig igényel molekuláris megközelítést is, a T-sejtek klonalitásának vizsgálatára általában szükség van. Összességében a relatíve alacsony esetszám és az összetett diagnosztika miatt a haematopatológust a T-sejtes lymphomák újra és újra nehéz próbák elé állítják.

Emiatt hasznosnak tűnik egy retrospektív tanulmány elvégzése, melyben a T-sejtes lymphomák nodalis és extranodalis eseteit szednénk össze a PTE KK Pathologiai Intézet archivumát felhasználva több mint egy évtizedre visszamenően. A tanulmány nem tartalmazza a cutan és a csontvelőben, illetve perifériás vérben diagnosztizált, inkább leukaemiának osztályozható eseteket. A munka során célunk felmérni a betegségek spektrumát, klinikopatológiai korrelációit, valamint a diagnosztikus arzenál változásainak hatását a precízebb diagnosztikára. Szükség esetén az archivált anyagokon olyan vizsgálatokat is el kívánunk retrospektíve végezni, melyek a diagnózis időpontjában még nem álltak rendelkezésre.

Társtémavezető: Dr. Vida Livia

A krónikus lymphocytás leukémia (CLL) eseteinek 5-8%-ban TP53 deléció, illetve pontmutáció fordul elő. A p53 diszfunkció a hagyományos kemoterápiával szemben rezisztenciát eredményez; a terápia refrakter esetek kb. 30%-ában mutatható ki az abnormalitás. A deléció FISH segítségével vizsgálható a rutin diagnosztikában, de az esetek kb. 40%-ában TP53 mutáció deléció nélkül fordul elő. Emiatt a rutin diagnosztikában Sanger-szekvenálást is végezni kell, ami költséges, hiszen számos exonban lehet pontmutáció.

Potenciális alternatíva lehet a mutáció miatti abnormális p53 fehérje akkumulációjának vizsgálata immuncitokémiai segítségével. A módszer segítségével az esetek egy részében kiválható volna a költséges szekvenálás. A munka során megvizsgáljuk, hogy a perifériás vérminták immuncitokémiai vizsgálata milyen hatékonysággal képes kiváltani a Sanger-szekvenálást.